A partir de la confluencia con el río Teusacá hasta Santafé de Bogotá, la calidad del río lo hace apto para el riego, con ciertas restricciones. A medida que el río atraviesa la zona urbana de la capital, su proceso de deterioro se incrementa con los grandes aportes de carga contaminante de los ríos Salitre, Fucha y Tunjuelo.
El oxígeno mantiene condiciones límites entre las fases aeróbica y anaeróbica y la DBO registra los mayores valores de concentración de todo su recorrido. Estos valores críticos prevalecen por más de 80 km hasta Puente Canoas, donde el río es trasvasado, casi en su totalidad al embalse del Muña, uno de los principales generadores de energía del país; con una grave implicación ambiental.
Ya en su recorrido por la cuenca baja, la calidad del agua presenta dos transformaciones importantes: la primera es una recuperación importante del oxígeno disuelto gracias a la caída constante de aproximadamente 2000 metros en menos de 50 km; la segunda ocurre después de la confluencia del río Apulo, donde el oxígeno comienza a disminuir paulatinamente por la adición de materia orgánica que aún no se ha degradado y por la pérdida de velocidad.
Finalmente en las estaciones las Lomitas y Salsipuedes se refleja el efecto del vertimiento de las aguas residuales de los municipios de Tocaima y Girardot sobre el río, que se puede percibir por el aumento de la DBO y la disminución de oxígeno disuelto.
Efectos:
- Contaminantes :
El rio presenta altos contenidos de metales toxicos: cadmio, cromo, cobre, plomo, mercurio, niquel y zinc. Asimismo, se han encontrado altas concentraciones de plaguicidas organoclorados, especialmente de lindano, heptacloro, heptacloro epoxico y dieldrin.
- Efecto en el ecosistema acuatico:
En el curso del río Bgota han desaparecido especies de peces autóctonos como el capitán pequeño, el capitán grande, la guapucha, la trucha y la carpa. En el curso medio e inferior del rio los peces nativos también desaparecieron en su totalidad, entre los mas importantes desde el punto de vista económico son el bocachico, el bagre pintado, el coroncoro , la dorada y la sabaleta.
- Efecto en la poblacion:
las comunidades humanas cercanas a las corrientes contaminadas acusan enfermedades de origen hídrico. Las enfermedades mas frecuentes son las bacterianas y las digestivas ( amibiasis, intoxicación alimentaria, enteritis, diarrea, gastritis y duodenitis), las cuales ocurren con frecuencia de hasta 6.5 y 8% en barrios cercanos al rio ( Fontibon y Tunjuelito), frente a 2.5 y 1.5% en barrios alejados (chapinero y Prado Veraniago). Tambien se presentan enfermedades virales como la hepatitis y enfermedades parasitarias como la helmintiasis.
- Con respecto a la vegetación:
el río presenta una baja densidad de macrófitas acuáticas, a causa de la velocidad del agua, y de las obras de corrección que ha sufrido. En los sectores de meandros se observan macrófitas enraizadas y algunas flotantes que sirven como sustrato y/o alimento de macroinvertebrados acuáticos que ayudan a mineralizar la materia orgánica y a controlar las concentraciones de sustancias tales como metales pesados y fenoles.
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